Nota località termale della Val Brembana, attraversata dal fiume Brembo, sorge in un'area abitata sin dai tempi più antichi da una popolazione di origine celtica, gli Orobi. Tuttavia l'attuale toponimo risale all'VIII secolo, in onore di San Pellegrino, vescovo di Auxerre. Le proprietà curative delle sue acque erano apprezzate già da tempo, tuttavia solo nel Settecento si è registrato un incremento del turismo termale, in concomitanza con la realizzazione di una nuova rete viaria che ha reso più agevole raggiungere la località.
Dal punto di vista urbanistico-architettonico, San Pellegrino, è caratterizzato da numerosi edifici in stile liberty. Gli esempi più illustri sono il Grand Hotel, il Casinò e il Palazzo della Fonte.
Inoltre ospita il Museo brembano di Scienze Naturali, con un'interessante raccolta di reperti fossili che attestano le origini millenarie della presenza umana nella valle.
Interessante è anche la Chiesa Parrocchiale di San Pellegrino, in stile barocco con pregevoli stucchi.
Il paese è comodo anche come punto di partenza per escursioni, alla scoperta del paesaggio della Val Brembana e della sua bellezza; in alternativa, un breve ma suggestivo viaggio su di una caratteristica funicolare conduce a La Vetta, frazione di San Pellegrino e sua terrazza naturale.