Non sono molte le notizie storiche che riguardano il paese di Fuipiano. In posizione panoramica all'estremità settentrionale della Valle Imagna, come molti paesini del bergamasco, anche Fuipiano Valle Imagna si pensa risalga al periodo medievale.
Il nome sembra trovare origine dal dialetto bergamasco, in particolare dal termine "foipià", che indica un altopiano con molti faggi.
Sul suo territorio la più importante testimonianza della storia passata sembra essere costituita dalla Chiesa Parrocchiale di San Giovanni Battista, realizzata nel XVIII secolo. È per la sua posizione e per i tesori d'arte in essa contenuti (tra cui affreschi di Giuseppe Orelli), che è tra le chiese più belle e importanti di tutto il territorio.