Giardini Naxos è stata a lungo relegata a ruolo di porto di Taormina, e ciò fino al XIX secolo, quando fu effettuato un piano di sviluppo del centro urbano e nel 1847 ottenne l'autonomia amministrativa da Taormina.
Il termine "Giardini" in siciliano significa agrumeti, mentre "Naxos" è il nome dell'antica colonia greca fondata nel 735 a.C. dai Calcidesi.
Tra i monumenti più interessanti annoveriamo il Castello di Schisò di origine medievale, i resti di un fortino dei secoli XVII-XVIII, all'interno del quale sono conservati alcuni reperti archeologici, un Museo archeologico e la Torre Vignazza di epoca medievale. Notevoli sono le zone archeologiche dell'antica Naxos, che conservano i resti di un tempio del sec. V a.C. e di tombe dell'età del bronzo.