Le prime notizie del Borgo di Lilliano risalgono al Medio Evo. Si trattava allora di un complesso fortificato comprendente la Chiesa di Santa Cristina caratteristica per l'unica grande navata (inconsueta per le pievi del Chianti). La facciata, contraddistinta da un filaretto di alberese ben conservato, è originale. L'imponente costruzione della fattoria domina l'abitato.
Il complesso fu di proprietà del Marchese di Toscana, poi della Badia di Poggibonsi e dell'Ospedale di Santa Maria Nuova di Firenze. Allora veniva chiamato Palazzo di Santa Maria Nuova a Ligliano.
Lilliano ha conosciuto assedi e distruzioni nel corso delle guerre fra Siena e Firenze a causa della sua posizione di confine tra i territori delle due grandi e litigiose repubbliche e della sua vicinanza a importanti roccaforti come Staggia, Castellina in Chianti, Monteriggioni.
Così, pur rimanendo l'impianto medioevale evidente nella topografia, nelle cantine e nelle mura di cinta, l'architettura è passata, in varie fasi all'attuale aspetto ottocentesco. L'attività di imbottigliamento e commercializzazione dei vini fu iniziata nel 1958 dalla principessa Eleonora Ruspoli Berlingieri, la cui famiglia acquistò la tenuta nel 1920. Giulio e Pietro Ruspoli sono gli attuali proprietari.
L'azienda agricola offre ospitalità, con la formula dell'agriturismo, degustazione e vendita diretta in cantina del Chianti Classico e degli altri suoi prodotti.