San Giovanni Rotondo sorge a 557 m slm tra Monte Calvo, Monte Castellana e Monte Nero. Presenta un clima continentale con inverni rigidi e estati calde.
E' un paese con chiara vocazione agricola, si producono olio, mandorle, prodotti caseari, cereali e ortaggi. Tuttavia l' economia di San Giovanni è ora votata quasi esclusivamente ai servizi e questo perché qui visse a lungo , dal 1916 al 1968, Padre Pio, o meglio San Pio da Pietrelcina.
La venerazione popolare per Padre Pio, diffusissima a tutti i livelli sociali, ha reso questa cittadina una delle mete più importanti del turismo religioso in Europa. Inoltre, fortemente voluto dal Santo, a San Giovanni sorge l' ospedale "Casa Sollievo della Sofferenza" uno dei centri ospedalieri più importanti d' Italia.
Altri luoghi legati alla figura del Santo sono la Chiesa di S. Maria delle Grazie e la Nuova Chiesa, opera di Renzo Piano, tra i maggiori architetti viventi al mondo. La "Chiesa di San Pio da Pietrelcina" ha una superficie di 9200 mq, in essa 7000 fedeli possono assistere alle cerimonie religiose comodamente seduti, in 30 000 se ci si avvale anche del grande sagrato.
La frequentazione antropica del territorio sangiovannese è antichissima e risale al neolitico (VI, V millennio a.C.). Ci sono prove dell' esistenza di un borgo risalente all' incirca al IV sec a.C chiamato Bisanum che doveva il suo nome ad un tempio circolare dedicato a Giano. Con l' avvento del cristianesimo il tempio fu abbattuto e su di esso fu eretta una chiesa votata a San Giovanni Battista.
Fu per questo che quando i Normanni il 14 Novembre 1095 sancirono ufficialmente la nascita della città le diedero nome San Giovanni Rotondo.
La tradizione religiosa di San Giovanni è testimoniata dal numero di chiese, alcune di valore storico culturale, presenti sul suo territorio. Tra queste si ricorda la Chiesa di Sant' Onofrio del XIII sec., la citata Chiesa di San Giovanni Battista, detta la "Rotonda" del VI sec d.C. o i resti della Chiesa di Sant' Elpidio (XIII sec). Non mancano i palazzi storici come l' attuale sede del comune "Palazzo San Francesco" o il Palazzo del Capitano o Palazzo Verna.